Käibemaksuseaduse § 31 lg 4 alusel arvatakse sisendkäibemaks maha tollideklaratsiooni ja importimisel käibemaksu tasumist tõendava dokumendi alusel. Eestis maksukohustuslasena registreeritud töötlejal on kaubalt tasutud impordi käibemaksu mahaarvamise õigus ka sellisel juhul, kui kauba omanikuks on teise liikmesriigi isik. Impordi käibemaksu mahaarvamine vastavalt eeltoodule eeldab seda, et kaup viiakse pärast töötlemist Eestist välja. Eeltoodu vastab ka kuuenda direktiivi artiklis 28f sätestatule.