Ettevõte võidakse registrist kustutada nii ettevõtja avalduse alusel kui ka maksuhalduri algatusel
Maksu- ja Tolliameti aktiivsem käibemaksuregistrisse kantud isikute kontrollimine tuleneb vajadusest tagada, et kanded registris oleksid õiged. Tõhusam kontroll on ajendatud ka käibemaksu pettustest.
MTA soovib lisaks kontrollida, kas ühing tegeleb jätkuvalt ettevõtlusega ja kas käibemaksuregistreering on vajalik. Ettevõtte kustutamine käibemaksuregistrist võib toimuda nii ettevõtja avalduse alusel kui ka maksuhalduri algatusel.